添加是防止冷却(冻)水系统细菌滋生的最有效的方式。杀菌剂有氧化性和非氧化性两种。氧化性杀菌剂主要有氯、次氯酸钠(钙)、优氯净等。它们经济实用，但有刺激性气味，溶解迅速，受pH值限制、易受水中还原性物质的影响。

      非氧化性杀菌剂常用的主要有季铵盐类(洁尔灭和新洁尔灭)、二硫氰基甲烷、戊二醛、4一异噻唑啉一3一酮等。季铵盐类用量为100～200mg/L(质量分数40％的产品)；二硫氰基甲烷用量10—25mg/L；戊二醛使用浓度为20～50mg/L；4一异噻唑啉一3一酮用量20～100mg/L。目前，杀菌剂使用正向安全、环保、高效的方向发展，比如卤代海因，三溴氮川酰胺(DBNPA)等。杀菌剂的添加往往采用冲击加药的方式。为防止产生抗药性，可把氧化性药剂和非氧化性药剂交替在一个系统使用。杀菌剂复配增效是近年来的一个发展方向。这种药剂一般都是由一种表面活性剂和一种高效杀菌剂组成，比如SQ8就是二硫氰基甲烷与其它溶剂复配的产品。但也有使用几种杀菌剂复合而成的。比如几种季铵盐复配的TS一802，几种有机硫化物复配的AB一12。使用复合药剂既可利用相互之间的增效作用而降低药剂的使用浓度，也可增加药剂的广谱性，防止微生物的滋生和抗药性的产生。