实施环境管理体系的目的是提高组织的环境管理水平，控制对环境有不利影响的环境因素，改善组织的环境绩效，促进环境与经济的协调发展。
        因此，进行环境管理体系审核的基本任务是判断受审核方的环境管理体系是否符合环境管理体系标准所规定的要求，而不仅仅是为了去发现一些不符合；同样，收集审核证据也不能仅仅是收集那些不符合审核准则的证据，还需要收集环境管理体系实施有效性的证据。以证明环境管理体系的作用。
        如何来评价一个组织实施环境管理体系的有效性呢？这可从两个方面进行评价：
        一、体系有效性的评价
        符合ISO14001标准要求的体系应通过其运行对环境因素实施有效地控制和管理。为此在环境管理体系审核中可通过评价下列内容以确认体系管理的有效性。
        1．体系能保证实现组织的环境方针放目标指标；
        2．对体系评价出的重要环境因素能实施有效控制；
        3．通过体系的监测测量、不符合纠正也预防、内审和管理评审等要素的实施，组织的体系形成了一套自我发现、自我纠正、自我完善的机制；
        4．员工通过体系的建立和实施提高了环境保护意识，并能够自觉地遵守与本岗位有关的程序或作业指导书的规定。        
        二、环境管理体系实施效果的审核
        组织通过建立和实施环境管理体系，其目的是根据组织的环境方针改进整体的环境绩效，因此在环境管理体系审核中，除了依据审核准则评价环境管理体系本身外，还要注意收集通过管理体系的实施在下列各方面所取得的成效的证据，以评价体系实施取得的实际环境绩效。
        审核员在审核中应注意重点收集受审核组织在污染预防方面，在节约能源、资源方面，以及在改进产品的环境性能方面取得的成效。
        1．污染预防方面的成效
        环境管理体系的基本要求是污染预防，这也是每个组织在环境方针中必须承诺的内容。一个实施了环境管理体系的组织 能否实现这一承诺，在污染预防方面取得了何种效果，这是评价环境管理体系有效性的重要方面，审核组在审核时应收集这方面的证据。
        例如：在污染预防方面取得的成效可表现下列几方面：
        （1）组织中的各种可能造成重大环境影响 的环境因素得到了有效控制（使污染因素从源得到控制）；
        （2）各种污染物的排放水平满足国家和地方环境标准的要注，主要污染物排放水平较体系建立前有明显改善；
        （3）通过改革工艺和材料，减少生产中有毒、有害物质的使用；
        （4）通过改造或更新设备减少对环境的不利影响；
        （5）废弃物实现分类管理，并实现废物的减量化、无害化和资源化。
        2．降低能源和资源的消耗
        有效地利用能源、资源，是环境保护的重要内容。ISO14001标准突出强调了在实施环境管理体系中要控制能源和资源的消耗。标准中规定在识别与评价环境因素时，要把原材料与自然淘汰的作用作为一个重要的方面加以评价。因此在环境管理体系审核时，应将组织在能源、资源消耗方面取得的成效作为审核的重要内容之一。这方面的例子有：
        （1）加强对能源使用的管理，合理利用能源、提高能源效率、减少能源浪费所取得的效果；
        （2）通过改革工艺技术、改造设备实现节能降耗的成果，或采用先进工艺技术提高原材料的利用率；
        （3）通过控制各工序的废品率减少废品损失，或实现边角余料的综合利用以及再生利用方面取得的成效。        
        3．改进产品的性能降低产品使用中对环境的影响
        IOS14001标准中明确规定，组织要识别并控制其产品中的环境因素。一个组织在实施了环境管理体系之后能否有效地控制了产品中的环境因素应是徇体系运行有效性的重要方面。
        生产型的企业社会提供大量的工业产品，这些产品在使用中有的会造成较大的环境影响。例如汽车和摩托车行驶中有害尾气的排旷，会造成城市大气的污染；冰箱、空调、洗衣机、微波炉等家电疗品， 由于指大、应用面广，在使用中会消耗大量的能源。因此，对这些产品实施产品的生命周期评价，进行产品的生态设计，改进产品的环境性能将是组织环境管理体系有效运行的明显表现。
        由于组织的性质和情况不同，上述环境绩效不一定会在一个组织中同时产生。但通过环境管理体系的运行，总会在某一方面产生一定的效果。