2、湖库富营养化问题
　　近年来，由于排入湖库的氮、磷等营养物质不断增加，水体富营养化进程加快。“九五”期国家重要点治理的“三湖”，即滇池、巢湖和太湖，全部都在长江流域；鄱阳湖、洞庭湖目前维持在中营养水平，但磷、氮含量偏高，正处于向富营养过渡阶段；近城郊的湖泊水库富营养化程度普遍较高，如杭州西湖、南京玄武湖及武汉东湖等均达富营养化程度。
　　滇池一直是昆明市城市供水水源地，但水质一度全部超过Ⅴ类标准，原来占滇地面积3.5%的草海接纳了昆明市一半左右的废污水，使水体黑臭，失去利用价值。
　　巢湖每年7-10月出现“水华”，湖中藻类大量繁殖，从水面下0.5米发展到1.5米深处，腥臭难闻，影响供水，1989年，刚建成不久的合肥市四水厂因水华被迫停产23天，经济损失亿元。
　　太湖中营养化面积占全湖70%以上，富营养及重营养化面积占10%，90年代后，每年夏秋季均发生“水华”爆发，藻类数量10年增加了5倍，1981-1994年13年间就上升了一个半～二个营养化级别。太湖TP的全年均值由80年代0.005mg/l上升到0.10mg/l；TN的平均浓度则由1.94mg/l上升到2.72mg/l，说明太湖水污染已十分严重。
　　湖库富营养化的原因分析：
　　我国人均含磷洗衣粉的净用量，80年代来为0.3kg/人.年现在已增到2.0kg/人.年,据初步测算有的湖泊，洗衣粉带入的磷量，已占到入湖总量的20%左右。太湖流域化肥年施用量200-300万吨，亩均100-200kg，农药用量5万-8万吨，亩均2.8kg，肥料利用率不足50%，随灌溉水或降水淋溶流入江湖并累积于湖库之中。
　　水产养殖和畜禽污染也是湖库富营养化的重要原因。流域内围网养鱼水面不断扩大，人工投饵量不断增加，而饵料利用率极低，造成NP直接污染，有的湖泊投饵量中的NP已占入湖NP总量的30%；此外，湖库区风景秀丽，旅游业发展很快，宾馆、饭店比比皆是，废弃物和污水直接进入湖库，导致流域内湖库水质急剧恶化。
3、水土流失问题
　　根据80年代调查统计，长江流域水土流失面积56.2万km2，年土壤侵蚀量15.68亿吨。水土流失主要集中在金沙江下游，嘉陵江、沱江流域、乌江上游及重庆至鄂西的三峡库区，上游宜昌站多年平均输沙量达5.3亿吨，其中金沙江来沙占45.3%，嘉陵江来沙占27.4%。
　　长江上游水土流失的危害主要表现在三个方面，一是破坏土地资源，制约可持续发展。长江上游山高坡陡、土层薄、雨量大而且集中，土层抗蚀年短，一旦发生水土流失，可很快造成土层变薄，地力减退，甚至发生“石化”和“砂砾化”，丧失农业利用价值。二是导致水源涵养能力降低，泥沙淤积，生态环境恶化，洪涝干旱灾害加剧。三是水土流失淤寨河道，湖泊及水库等水利设施，对长江中下游航运，水利工程效益发挥，水资源综合利用以及防汛保安带来危害和不利影响。
　　从1988年起，通过10年的努力，已累计治理水土流失面积5.3万km2，使治理区水土流失问题得到初步控制，抢救了部分土地资源，调整了土地利用结构，提高了治理区土地的环境容量。但长江上游水土保持任务仍相当艰巨，尚有30万km2流失面积亟等治理，而且中游的汉江上游和洞庭湖的“四水”地区，也都需要加强水土保持工作。
4、三峡工程对水环境影响问题
　　三峡工程在取得巨大的防洪、生态环境效益的同时，对上下游也有一定的不利影响，但通过采取措施，一般能得到消除或减缓。三峡工程对库区水质的不利影响主要表现在水位抬高，水流趋缓，不利于污染物的扩散，使现在排污染条件下的岸边污染范围扩大。水库初期正常蓄水位156米，对水质的不利影响范围主要集中在坝前至长寿县城附近，水库按正常蓄水位175米蓄水运行，对水质的不利影响范围将涉及整个库区。为此，三峡工程考虑了对水质不利影响的补偿措施。水库水环境保护仅靠工程措施是远远不够的，还必须加强水环境的管理。三峡水库是长江的一部分，其不仅受到来自上游的污染，同时，三峡水库水质的好坏也直接影响到下游的生产生活用水，因此，三峡水库水环境的保护，应从整个流域的层次上来考虑。
　　尽管目前三峡库区总体水质良好，但据长江流域水资源保护局开展的调查，重庆江段有直接入长江排污口79个，另有嘉陵江汇入，据1996年统计，三峡库区年均接纳废污水量超过10亿吨，其中重庆年排废污水量8.50亿吨；涪陵有排污口22个，年排废污水量1.35亿吨，万州有排污口22个，年排废污水量0.81亿吨，宜昌在库区排污口主要集中在巴东，年排废污水量0.06亿吨。大量未径处理的废污水排入库区水域后，使沿江城镇的局部江段已形成了较严重的岸边污染带。建库后，流速减缓，复氧和稀释扩散能力下降，将加重三峡库区水体污染。三、对策建议
1、加强法制建设，尽快制订长江水资源保护条例
　　环境保护是可持续发展战略的重要组成部分，因此环境保护法制在实现持续发展进程中具有举足轻重的地位。我国实行的“预防为主，防治结合”、“谁污染谁治理”和“强化环境管理”的三大政策，确立了我国环境立法的基本原则。
　　应当根据长江水污染的特征和流域内经济发展的要求，尽快制订切实可行的水资源保护条例等有关法规，以有效地歇制住长江水污染势头，保证长江水资源的可持续利用。
2、统一规划，逐步实施，防治长江水污染，保护长江水资源
　　制定长江流域水资源保护规划是实现水资源可持续利用和流域经济发展的重要保证。由于流域的跨行政区、跨部门的特点，由任何部门、地区来制定规划都会带有片面性。流域的水资源保护和水污染防治应按照流域与区域相结合的原则进行统一规划。由流域机构牵头，根据整个流域的水资源保护和水污染防治目标、措施和要求，统筹兼顾、综合论证，统一制定流域规划。各地区、各部门根据流域统一规划再制定配套的区域规划。经批准的流域和区域规划是保护水资源，防治水污染的基本依据，应纳入流域内各行政区域国民经济和社会发展计划。
3、加强流域监督管理
　　建立完善以长江流域为单元的水资源保护管理体制，实现中央、流域、区域三级管理。完善落实双重领导体制，充分发挥现有流域水资源保护机构作用，且赋予它们必要的管理与监督职权，在流域内行使水资源保护监督管理职能。
　　加强流域监测管理，对规划的实施进行监督，对省界断面、水资源保护纠纷和其它水污染事故，以及城市入江排污口实施统一监测和管理。
4、建立节水型经济和节水型社会，减少污水排放
　　随着水资源目益短缺，开发费用日益昂贵，为缓解水资源矛盾，有效保护水资源，节约用水确定为我国经济建设中一项长期的基本政策。长江流域经过多年水利建设，目前供水能力已有很大提高。但预计到本世纪末，长江流域城市和农业灌溉缺水仍将十分严重。解决水资源供需矛盾的办法，除继续建设新的水源工程外，必须大力开展节水宣传，实行全面节水战略，农业、工业、城市都要采取有效的节水措施，以减少污水排放。
5、湖泊生态系统退化的上行控制途径
　　富营养化湖泊的恢复途径除了采用常规的环境工程技术之外，更应重视和采取生态技术。对于点源污染，通过截污分流，建立污水处理厂进行集中式处理等外部控制手段，湖内污染负荷通过营养物质沉淀，底泥疏浚和引清冲污等内部控制手段得以实施。对于引起湖泊富营养化主要因素的非点污染源，则可以采用加强水陆交错区及生态缓冲带建设的办法，使水陆交错区作为地表径流的主要载体以过滤来自陆地径流中所含的营养物质、化肥和农药等污染物。由于水陆交错区的景观界面效应使其中的生物种类繁多、生物量大、根系微生物活动强烈，径流中所携带的有机物较多地在这种环境中被降解，吸附、吸收。该方法已广泛在国外应用，美国明尼苏达州Roseville的Mccarrons湖泊上游修建了混合滞留/湿地雨水处理设施和日本霞浦湖建立的生态缓冲带，均取得良好的效果。
6、加强宣传教育，提高全民的水资源保护意识
　　水资源的永续利用是保障社会经济发展的物质基础。长期以来，人们认为水是取之不尽、用之不竭的廉价的资源。特别是长江流域水资源较丰富而忽略了对水资源的爱惜和保护。因此，要大力加强宣传教育，更新观念，提高全民对保护长江水资源重要性的认识。提出倡导讲科学，按科学规律办事。齐心协力，加快长江流域水资源保护与水污染防治的步伐，为当代和子孙后代留下一个美好的水环境和生存空间。
7、明确经费渠道，保证投入
　　为促进水资源保护管理工作，保证水资源保护机构经费、正常业务经费和专项经费的开支需要。培训和造就一支高素质水资源保护管理队伍，采用先进技术设备，加强地区间、区域间、国际间合作，充分利用各种渠道筹集和安排资金，保证投入。
　　为保证水资源保护管理科学性，有利于制定引导政策，应加大对水资源保护科研的投入，为实现水资源保护可持续发展提供技术保障。