伴随着生物技术的发展，水产养殖业越来越多地运用生物工程技术来减少排放量和污染物数量。比如用微生物发酵生产和遗传工程技术将合成特定氨基酸的基因克隆进入微生物的细胞质中，然后借助微生物的增殖来生产蛋白质鱼类饲料，可以提高鱼对饲料的利用率，降低氮的排泄物，减少中氮的浓度；利用生物筛选技术和基因工程培育一些去污能力强的植物(特别是藻类)和微生物来净化水产养殖；利用生物工程对鱼类进行生理修正，使鱼类提高耐污能力和减少排泄物，比如Phelps培育的鱼类对沙门氏菌属形成抗体，这种鱼类就可以在污染水体中生长。郑耀通等对具有高效净化水产养殖水体的紫色非硫光合细菌进行了分离和筛选，筛选出来的紫色非硫光合细菌既有很强的净水能力，又是鱼类的饲料。目前国内的研究主要集中在光合细菌在水产养殖水体净化中的应用。

       水产养殖废水的循环利用工艺流程 

       进行水处理装置有多种，其结构各不相同，其工艺流程也不一样，下面介绍几种典型的流程。鱼池排水→集水池塘→氧化池→→增温增氧池→鱼池回用的工艺在德国使用较多，这种工艺流程中氧化池为生物转筒，水力负荷4.5~5.4 m3/m3.d，回流50%~100%到氧化池。鱼池排水→→升流式生物滤池→淋水塔式增氧→加热、消毒→鱼池回用的工艺在加拿大使用较多，在沉淀池能够去除60%的SS，在升流式生物滤池的填料粒径为1~10 mm左右，可以去除99%氨氮，新鲜水/回用水为1/9。鱼池排水→充氧→升流式石灰岩滤池→沉淀池→增氧→回用的工艺在美国使用较多，其中新鲜水/循环水为1/5。鱼池排水→升流式碎石滤池→降流式碎石滤池→增温池→回用的工艺在上海集约化水产养殖业水体循环中使用较为普遍，其中滤池水力负荷110.5~140.0 m3/m3。鱼池排水→集水池→升流式沸石滤池→降流式沸石滤池→补充新鲜水、调温→鱼池回用在北京集约化水产养殖业水体循环中使用较多，其中滤池水力负荷为150~194m3/m3。