针对城市轨道交通运营阶段项目安全管理的系统，构建了在SOON体系下的运营阶段项目安全管理流程控制整体框架；按照安全流程管理要求，探讨了基于波特的价值链模型的管理组织措施优化、基于TPM&RCM的城市轨道交通关键设备维修管理模式优化和基于PTT-STOP模式的安全保障制度创新技术在南京地铁上的应用实践，为实现城市轨道交通运营阶段项目安全流程管理优化奠定理论基础。