国际法典将“危害”定义为：会对食品产生潜在的健康危害的生物、化学或物理因素或状态。

国际食品微生物规范委员会在危害的定义里将安全性和质量都包括进去。

食品中的危害从来源上可分为自源性和外源性。自源性危害是原料本身所固有的危害，如原料自身的腐败、天然毒素及其生长环境中受到污染等等；外源性危害是指在加工过程中引入食品中的危害，包括从原料采购、运输、加工直至贮存、销售过程中引入食品中的危害。

1、生物性危害

生物的危害包括有害的细菌、病毒、寄生虫。食品中的生物危害既有可能来自于原料，也有可能来自于食品的加工过程。

微生物种类繁多分布广泛，被划分成各种类型。食品中重要的微生物种类包括：酵母、霉菌、细菌、病毒和原生动物。一般而言，酵母、霉菌不引起食品中的生物危害（虽然某些霉菌产生有害的毒素――化学危害），只有细菌、病毒、原生动物能引起食品的生物危害，使食品不安全。

⑴细菌危害

细菌危害是指某些有害细菌在食品中存活时，可以通过活菌的摄入引起人体（通常是肠道）感染或预先在食品中产生的细菌毒素导致人类中毒。前者称为食品感染，后者称为食品中毒。由于细菌是活的生命体，需要营养、水、温度以及空气条件（需氧、厌氧或兼性），因此通过控制这些因素，就能有效地抑制、杀灭致病菌，从而把细菌危害预防、消除或减少到可接收水平――符合规定的卫生标准，例如，控制温度和时间是常用且可行的预防措施――低温可抑制微生物生长；加热可以杀灭微生物。

⑵寄生虫和原生动物

寄生虫是需要有寄主才能存活的生物，生活在寄主体表或其体内。世界上存在几千种寄生虫。只有约20%的寄生虫能在食物或水中发现，所知的通过食品感染人类的不到100种。通过食物或水感染人类的寄生虫有线虫（Nematodes/round worms）、绦虫（Cestodes/tape worms）、吸虫（Trematodes/flukes）和原生动物。

大多数寄生虫对人类无害，但是可能让人感到不舒服。寄生虫感染通常与生的或未煮熟的食品有关，因为彻底加热食品可以杀死所有食品所带的寄生虫。在特定情况下，冷冻可以被用来杀死食品中的寄生虫。然而，消费者生吃含有感染性寄生虫的食品会造成危害。

2、化学性危害

化学污染可以发生在食品生产和加工的任何阶段。化学品，例如：农药、兽药和食品添加剂等适当地、有控制地使用是没有危害的，然而一旦使用不当或过量就会对消费者形成危害。

3、物理性危害

物理的危害包括任何在食品中发现的不正常的有潜在危害的外来物。物理的危害是最常见的消费者投诉的问题。因为伤害立即发生或吃后不久发生，并且伤害的来源是经常容易确认的。

以下是在食品中能引起物理危害的材料及来源：

食品与金属的接触，特别是机器的切割和搅拌操作及使用中部件可能破裂或脱落的设备，如金属网眼皮带，都可使金属碎片进入产品。此类碎片对消费者构成危害。物理危害可通过对产品采用金属探测装置或经常检查可能损坏的设备部位来予以控制。