程序文件的结构和格式由编写的用人单位自行确定。但是，一个企业的所有程序文件应规定一种统一的格式，以相同的结构和格式编排每一程序，以便使用者熟悉适合于每项要求的用固定方法编排的程序文件，也增进了系统地满足标准要求的可能性。

对于以往程序文件不规范，特别是在贯标中要初次设计程序文件的企业在编制程序文件前，管理部门要认真设计并规定程序文件的结构和格式，以便使企业的所有程序文件得以统一。这种方法更重要的是使程序的起草者，按规定的结构格式填写，保证写出的程序文件达到与5W1H(Why、What、Who、When、Where、How)的要求，不致遗漏必不可少的内容。