石油企业HSE管理体系运行中存在着领导重视不够、缺乏总本运行计划、与日常管理脱节、风险识别和评价水平低、作业指导文件针对性不强、应急预案操作性不强、监督考核力度不够等问题，提出解决这些问题要加强领导和员工的培训、将HSE管理纳入企业总体年度计划并把日常的规定和办法融入体系运行管理、要用科学的方法全员参与风险的识别和评价、要结合实际编制作业指导文件和应急预案并不断完善和修订、要把体系运行和经济处罚挂钩以考核促进体系深入运行等对策。