但垃圾焚烧也存在环境污染隐患，垃圾焚烧是二噁英的主要的排放源之一，二噁英排放则是垃圾焚烧处理中最引人关注的问题。二噁英具有不可逆的“三致”毒性，对人体健康具有极大危害。由于公众环境意识的提高和缺乏对垃圾焚烧技术环境安全性的认识，许多新垃圾焚烧厂筹建之初，往往受到周边民众的抵制和反对，焚烧厂的选址成为一个敏感问题。实际上，随着焚烧处理技术的发展，二噁英的排放量已经得到显著控制，焚烧处理的安全性也越来越有保障。20世纪90年代以前，日本的垃圾焚烧造成的二噁英污染曾达到相当严重的水平；通过焚烧技术的改进和污染物的终端处理，在1997年到2003之间，二噁英的排放削减率达95%[16]。我国在垃圾焚烧工艺管控过程中也采取了一些减少二噁英产生量的措施，如2000年建设部发布的《城市生活垃圾处理及污染防治技术政策》中就规定了“垃圾应在焚烧炉内充分燃烧，烟气在后燃室应在不低于850℃的条件下停留不少于2s”、“烟气处理宜采用半干法加布袋除尘工艺”等控制措施[17]，可有效减少二噁英的排放。根据2007年的统计，我国焚烧厂二噁英排放量仅占全社会排放量的3.3%，相信随着我国垃圾焚烧技术的发展和相关管理措施的完善，垃圾焚烧过程中产生的二噁英可以消除或者控制在足够低的安全水平。
在我国，目前垃圾焚烧处理还存在一些限制：（1）我国城市生活垃圾成分复杂[18]，而且长期以来一直是混合收集。垃圾焚烧一般要求垃圾的最低热值在3360kJ•kg-1以上[19]，垃圾热值低则需要添加燃料辅助燃烧，造成运行成本的增加，但在垃圾分类收集尚未普遍开展的情况下，我国目前除少数经济较发达的城市外,其它城市的混合生活垃圾热值较低[20]，不适宜焚烧；（2）焚烧处理设备投资和运行费用均较高，经济不发达地区难以承受。我国早期建设的垃圾焚烧发电厂多引进的是国外技术和设备[21]，投资费用昂贵；近年来随着引进设备国产化和技术自主创新，国产技术和设备有所发展和应用，焚烧厂单位投资有所降低，但对于经济一般的地区来说，焚烧处理的投资和运行费用依不菲[22]。
2.3堆肥
堆肥法是利用自然界广泛存在的微生物的新陈代谢作用，在适宜的条件下，进行微生物的自我繁殖，从而将可生物降解的有机物转化为稳定的腐殖质。堆肥处理适合于处理易腐烂、可降解有机物质含量较高的垃圾，可以使其中的有机成分转化为可供施用的肥效物质，同时消除其环境污染，杀灭垃圾中的病菌，具有无害化和资源化特征，是处理有机垃圾最有效，最适宜的技术手段之一。我国应用堆肥处理的历史开始于20世纪50—60年代[23]，经过多年发展，工艺技术已比较成熟。但是目前堆肥处理在我国的发展前景并不理想。由于处理成本过高，产品销路不好，大部分垃圾堆肥场处于停运状态，只有北京、广西、上海、四川等地几座城市的堆肥厂在运行[24]。究其原因，主要有：（1）入厂的混合垃圾中含有大量土石、塑料等不可降解成分，这些成分必须分选出来,而分选设备工艺比较复杂，费用较高，使堆肥产品的成本大大增加；（2）经过分选工艺后的产品没有彻底清除石块等杂质和重金属等有害成分，质量难以保证；同时，与有机肥和化肥相比，堆肥产品的肥效较低，所以在市场竞争中毫无优势。（3）生活垃圾处理的连续性和堆肥产品销售的季节性之间存在着固有矛盾，另一方面也增加了堆肥的处理成本。鉴于以上原因，堆肥厂往往很难取得经济收益以致亏损；而大多数地方政府和企业看重垃圾堆肥的资源化理念，过分强调其经济效益，没有充分了解市场行情，盲目进行堆肥工程的开发，从而导致大批的堆肥厂经济难以维持而停止运行[25]。
3城市生活垃圾收集处理和管理中的突出问题
3.1垃圾混合收集
长期以来，我国生活垃圾一直是混合收集。混合收集的弊端在于：（1）混合垃圾中含有一部分尚有利用价值、可直接回收利用的物质如废纸、塑料等，如果直接处理，不仅造成资源的极大浪费，而且增大了垃圾处理量，使处理成本大大增加；（2）混合垃圾中还含有一些危险废物如日光灯管、废旧电池等，不仅增加了无害化处理的难度，而且一旦处理不当，极易造成严重污染。
垃圾被称为“放错地方的资源”，可回收垃圾包括纸类、金属、塑料、玻璃等，通过综合处理、回收利用，可以减少污染，节省资源。例如：每回收1t废纸可造纸850kg，节省木材300kg，比等量生产减少污染74%；每回收1t塑料饮料瓶可获得0.7t二级原料；每回收1t废钢铁可炼好钢0.9t，比用矿石冶炼节约成本47%，减少空气污染75%，减少97%的水污染和固体废物[26]。随着我国社会、经济的快速发展，垃圾中可回收资源迅速增加，现已达到20%左右[27]，垃圾分类收集以及资源的回收利用势在必行。
尽管2000年建设部设立了北京、广州等8个城市为“生活垃圾分类收集试点城市”，但实际进展效果并不理想。2001年，武汉取消了垃圾分类收集；2007年，广州取消了垃圾分类收集，2008年，深圳也取消了垃圾分类收集。其他一些城市的垃圾分类收集也形同虚设。这说明我国的垃圾分类收集存在很多问题[28]。例如：虽然设置了分类垃圾箱，但缺乏对公众的宣传教育和约束，居民对垃圾分类的意识不强、积极性不高，乱扔乱投的现象依然普遍，分类垃圾箱形同虚设；相关部门缺乏有效管理，流动拾荒者任意捡拾垃圾，势必造成分类垃圾箱内垃圾的混杂；虽然进行了分类收集，但无法保证分类运输和处理，使分类收集失去了意义。
3.2相关法律法规不健全
我国目前关于生活垃圾的相关法律体系还不健全，存在一定缺陷。已颁布的《固体废弃物污染环境防治法》、《城市生活垃圾处理及污染防治技术政策》等法规对防治城市生活垃圾污染做出了较为全面的规定，是加强我国城市生活垃圾污染防治工作的基础；但这些基本法规多为原则性规定，缺乏相应的实施细则和配套法规，可操作性不强，给依法防治城市生活垃圾污染带来了困难[29]。例如：《固体废物污染环境防治法》第42条规定城市生活垃圾应当逐步做到分类收集、运输和处理，《城市市容和环境卫生管理条例》和《城市生活垃圾管理办法》中也都提到了城市生活垃圾的分类；但究竟应该如何分类、分为哪几类，违反了分类原则又该承担什么样的法律责任，并没有给出具体的意见或规定。
地方部门未能充分行使立法职能，缺少相应的地方法规的制订，使得相关部门在执法时缺乏具体的法律依据。由于我国生活垃圾具有较大的地区差异性；因此，为提高法律的可操作性，有必要根据当地实际情况，加强地方立法，通过制定地方性法规制度保障国家法律、行政法规的顺利实施。
3.3管理体制不完善
目前我国主管城市生活垃圾收运处理的部门是中华人民共和国住房和城乡建设部，各个城市由市政府领导下的城建环卫部门主管垃圾的收集、转运和处理工作[30]。垃圾处理行业作为社会公益事业，其收运处理过程的监督、管理、执行基本上是由政府一家包揽，环卫部门既是监督机构，又是管理部门和执行单位，“自己监督自己”，造成政企不分的局面，不能形成有效的监督和竞争机制，制约着垃圾处理行业的发展。
此外，建设部门和环境保护部门的职责划分不清，容易造成多头管理，各自为政[31]。由于两者都是同级部门，没有行政隶属关系，也无权相互干涉，因此，在执行管理职能的过程中，若出现利益项目，便会产生监管的重叠；当出现某些责任问题的时候，则会互相推诿，产生监管的空白。
3.4资金匮乏，垃圾收运处理设施建设滞后
近几年来，国家对于城市生活垃圾处置的资金投入越来越多，但很多城市依然普遍存在资金不足的问题。由于垃圾处理作为城市公用事业，其经费来源主要是政府拨款，政府几乎担负所有的费用，造成政府财政压力巨大，资金捉襟见肘，无法满足日益增长的垃圾产量的处理需求。“九五”期间，全国用于生活垃圾处理设施的固定资产投资额约为44×108元，而2001年和2002年2年的投资已经达到了53.2×108元。虽然近几年来，各级政府大幅度提高了用于生活垃圾处理设施的固定资产投资；但由于历史欠账较多，以及城市生活垃圾产生量的不断攀升，用于城市生活垃圾处理设施的投资仍然严重不足[32]。由于资金投入不足，垃圾收运处理设施建设相对滞后，许多城市尤其是中小城镇普遍存在设施老化、数量不足的问题。崔宁[33]对陕西省城市生活垃圾处置设施的调查显示，除西安、宝鸡、咸阳等经济较发达的中心城市垃圾机械化清运率达到60%外，大部分市县从垃圾源到中转设施的运输几乎完全由人力完成。大多数县城采用自然沟壑堆放生活垃圾，没有任何防渗层和渗滤液处理系统。
3.5公众环保意识薄弱
城市生活垃圾收集处理与环境保护不仅仅只是政府和相关部门的工作，也离不开每一个公民的支持和。要处理好城市生活垃圾问题，全民的环境卫生意识是一个至关重要的因素。例如，日本的生活垃圾回收做得相当好，居民能够自觉对垃圾进行分类。
由于生活习惯、教育等方面的因素，我国公民普遍没有形成良好的环保意识，自觉性较差，生活垃圾随意丢弃的现象处处可见。通过走访调查结果表明，尽管有很多人对周围其他人污染环境不满，但是自己也在做污染的事，而且心安理得；一些居民虽然清楚乱丢垃圾是不好的行为，但为了图一时之方便，仍然不管不顾，随意丢弃垃圾[34]。邵瑞华等[35]在对城镇居民的调查中显示，仅有9.4%的居民非常清楚可回收垃圾和不可回收垃圾的概念。一般了解的占57.9%，不清楚的占32.7%；了解垃圾资源化的占15.4％。听说但不了解的占59.1%，未听说的占25.5%。黄宜等[36]对昆明市居民环保意识的调查中，66.7%的人表示在日常生活中经常使用塑料袋。