HSE管理体系管理手册、文件的贯彻实施和两书一表的执行，实质上就是HSE管理体系的运行，因此，当HSE管理体系管理手册由最高管理者签发命令发布，HSE管理体系文件经相关领导批准实施后，应立即分层次组织各级管理人员进行学习和贯彻执行，使全体员工认识到新建立的HSE管理体系是对旧的管理模式的一场变革，是为了与国际惯例接轨，使企业树立良好的社会形象，增强市场竞争力的重大举措，要适应这场管理模式的创新，就必须认真学习和贯彻体系文件。

不同层次的员工掌握的体系文件内容应有所不同。高层管理人员，应看重掌握HSE管理体系的原理、原则、功能及控制方法；中层管理人员主要应掌握本部门体系要素的工作内容；执行层人员应着重掌握手册的支持性文件中涉及各自岗位的操作标准、规定、程序。按照HSE管理体系设计的要求，对组织机构进行适当的调整，对各职能部门和相关层次人员的职责进行分配，明确隶属关系以及协调方式，形成有效运行机制。