环境管理体系文件结构化设置的每一层次均应发挥其各自的功能和作用。

　　环境管理手册是用来阐明组织的环境方针，提供重大环境因素、目标指标方案、适用法律法规，明确环境管理组织机构与职责，简要描述17个体系要素和它们之间的相互关系，是组织环境管理体系的高度概况，为环境管理工作提供指南及纲领，使得体系保持相对稳定性。将其提供给中高层管理者可以明确体系概貌、各部门的职责及相互关系，以便统一分工及协调管理；将其用于内部审核或外部审核，可以使审核人员抓住体系的要旨和脉络；手册还为体系文件提供总体的指南及索引；部分企业也将手册提供给相关方，向社会宣传企业的环境管理工作及业绩。

　　程序文件应包含环境管理体系中一个逻辑上相对独立的内容，可以是环境管理体系的一个要素（如信息交流程序）或要素中的一个部分（如环境因素识别程序）或几个环境管理体系要素相互关联的一组活动（如废弃物管理程序），为其规定控制要点，使体系中该方面的活动处于程序化、文件化的受控状态，这就避免了由于缺乏文件化管理而造成的经验主义，偶然得失，使得要做的工作具体而明确，程序文件可以看作是企业内部强制执行的法规性文件，程序文件是手册的支持性文件。

　　作业指导书侧重于对操作性岗位或某一局部活动的规定，可以分为管理操作式和岗位工艺流程分解式，它是对程序文件的展开、补充及细化，一个程序文件可以有若干个作业指导书来支持。

　　记录为环境管理体系提供见证性和可追溯性。

　　以上各级文件应给出相应下级文件的路径来，比如手册应给出程序文件的路径，程序文件应给出相应作业指导书的路径，手册、程序文件、作业指导书可以分别给出记录的路径。

　　环境管理体系的文件化在体系的建立、运行和保持中起着举足轻重的作用，这就要求组织在环境管理体系建立之初即对文件编写工作给予足够的重视，体系运行和维护阶段不断完善文件以适应变化的条件并履行持续改进的承诺，同时记录下来体系实施和运行的重要信息，为环境管理体系的运行提供依据和见证。